mon-herbier.fr

En 2010, la numérisation des planches avait commencé. N’ayant pas trouvé de système « clé en main » permettant d’héberger les données de l’herbier, nous nous étions résolus à développer un premier site web, simple mais fonctionnel, dédié à l’informatisation et à la consultation en ligne des planches de l’herbier DP. Le site était bien référencé par les moteurs de recherche, Google notamment, ce qui a permis à certaines recherches de prendre en compte l’herbier de Daniel Pellé dans leurs résultats. Cette première version du site a été mise en ligne le 18 mars 2011.

Bien plus tard dans le déroulement du projet, Marc Pignal évoquera l’exemple de l’herbier virtuel Saint-Hilaire, un outil développé dans le but de faciliter la consultation des planches de cet herbier (Pignal et al. 2013). Le fait de pouvoir conserver le jeu de données de l’herbier DP en tant que tout nous a convaincus de le proposer aux collections de la Ville de Troyes (qui avaient un intérêt tout particulier à le conserver en tant que « tout ») plutôt qu’à l’Herbier de Paris, qui débordait déjà de spécimens non informatisés et qui n’avait pas les moyens de traiter rapidement cette masse de données.

Le premier site mon-herbier (2011-2016)

La première version du site mon-herbier servait autant à la présentation de l’herbier au public qu’à l’informatisation des planches. Ces premières versions du site et de la base de données attenante, très simplifiées (PHP/MySQL), ont vite montré leurs limites.

Côté interface publique, en sus des pages de présentation de l’herbier de Daniel Pellé et de la démarche suivie, le site mon-herbier mettait en avant l’avancée de la numérisation de l’herbier en publiant sur sa page d’accueil les cinq dernières planches saisies, en sus d’une planche au hasard parmi toutes celles disponibles en ligne :

Un compteur permettait également de savoir combien de planches étaient consultables lors de la visite. Une page dédiée permettait de naviguer parmi les planches, cette fois triées par ordre taxonomique :

Enfin, une page permettait d’afficher une planche de l’herbier, les métadonnées correspondantes, et d’accéder à la version haute-définition du fichier, si le visiteur en avait besoin :

Nom de domaine

Le nom de domaine http://mon-herbier.fr étant disponible, celui-ci a été réservé dès le départ, pour fortifier l’identité numérique de notre projet. Le site était hébergé sur un domaine différent (ce qui posera plus tard des problèmes quant à la pérennité des liens vers les planches de l’herbier en ligne), mais la détention du domaine permettait de communiquer sur une adresse plus courte que l’adresse véritable du site (http://mon-herbier.fr au lieu de http://mon-herbier.teznet.fr).

Résultats

Au bout de ces cinq années, et avec un total de 861 planches saisies en ligne, le site a atteint ses limites. Mais comment faire pour développer une nouvelle version du site ? Et quel système utiliser cette fois afin de pérenniser l’information saisie (via des fonctionnalités d’export notamment), et faciliter le développement de nouvelles fonctionnalités (autour de la notion de lieu, par exemple) ?

Parallèlement au développement de ce projet personnel, j’avais pris en charge en 2013, au sein du service des Publications scientifiques du Muséum, la rédaction du cahier des charges du nouveau site internet des Publications (https://sciencepress.mnhn.fr). Les contraintes imposées nous ont amenés à nous tourner vers une solution basée sur un CMS complexe, mais puissant. C’est décidé : le site mon-herbier sera ainsi développé en utilisant le même système !

La version « Drupal » du site (2016-2021)

La seconde version du site mon-herbier a été mise en ligne le 6 janvier 2016, soit presque cinq ans après la publication de la première version site (en ligne au 16 mars 2011), qui contenait 861 planches de l’herbier de Daniel Pellé numérisées et informatisées.

Page d'accueil du deuxième site mon-herbier.fr, développé sous Drupal
Page d’accueil de la deuxième version du site mon-herbier.fr, développé cette fois sous Drupal. L’utilisation d’un système de gestion de contenu (CMS) permet d’accéder à un certain nombre de fonctionnalités difficiles à mettre en place autrement.

Interfaces publique et privée

Avec cette nouvelle version du site, il devenait possible de naviguer facilement parmi les presque 900 planches déjà saisies dès son lancement. Les visiteurs pouvaient lister et filtrer les taxons enregistrés, et afficher les planches associées :

Les lieux étaient consultables directement depuis une carte, qui s’affichait même sur la page de la planche, dans un cadre « Lieu de récolte ». Il devenait possible de lister et de trier ou filtrer les planches par lieu, par récolteur ou par date.

Identifiant officiel pour les planches de l’herbier DP

Dans la nouvelle version du site, le titre de la planche était cette fois utilisé (alors numéroté sur quatre chiffres et précédé de l’acronyme « DP ») comme partie de l’URL de la page (qui était cette fois formée ainsi : « …/planches/DP0001 »), permettant ainsi de transformer ces URL en adresses permanentes (permaliens).

En 2020, après une rencontre avec Marc Pignal du Muséum, l’acronyme « DP » a été réservé sur l’Index Herbariorum (http://sweetgum.nybg.org/science/ih/herbarium-details/?irn=255270). L’enregistrement d’un jeu de données sur Zenodo (https://doi.org/10.5281/zenodo.4443430), couplée à l’utilisation des identifiants des planches, permet de définir des URL sous la forme https://zenodo.org/record/4443430/files/DP0684.jpg, et donc de maintenir dans le temps les liens vers ces fichiers. Des QR-codes collés sur les planches physiques de l’herbier permettent d’afficher facilement la page correspondante en ligne (sur les identifiants numériques, voir Chester et al. 2019 ; voir aussi Agosti et al. 2022).

Autres identifiants

Un premier identifiant utilisé pendant l’informatisation initiale des premières planches, l’identifiant BDTFX (voir derrière ce lien pour plus de détails), a pu être récupéré ; il correspondait alors aux taxons de la Flore de France. L’herbier DP contenant également deux chemises d’Afrique du Nord, un second identifiant (ISFAN) a été ajouté, permettant de référencer ces spécimens, généralement obtenus par des échanges au sein de la SFE.

Logo de l'INPN
Logo de l’INPN

Un troisième identifiant a été ajouté par la suite à chaque planche – l’identifiant CD_NOM de l’INPN – en fin de projet, sur conseil d’Olivier Escuder (OFB, MNHN). Ce champ permettait l’identification unique du taxon dans le référentiel national TaxREF, et l’accès à des données supplémentaires sur ces taxons, via l’API fournie par le site (https://taxref.mnhn.fr/api/).

Lieux de récoltes

Dans la nouvelle version du site, un système permettant de hiérarchiser les lieux, et d’enregistrer de nouvelles données relatives à ceux-ci, fut implémenté. La saisie des lieux en fut grandement simplifiée, et une grande campagne de tri, de dédoublonnage et de rangement des lieux a pris ensuite presque trois ans. Côté interface publique, il était maintenant possible de trier et de filtrer les lieux et les planches par pays, département, commune ou lieu-dit, ou par code postal.

609 lieux différents ont ainsi été enregistrés dans la version définitive des données de l’herbier DP (hiérarchie des lieux comprise). Pour 569 d’entre eux (93 %), il a été possible de retrouver des coordonnées géographiques correspondant à la commune de rattachement. Sur 1974 planches, 1866 (94 %) sont associées à des lieux correctement référencés. Seules 108 planches ne peuvent être localisées précisément, mais une bonne partie d’entre elles mentionnent néanmoins un lieu, soit trop général, soit que nous n’avons pas pu retrouver sur une carte.

Une carte dynamique des lieux de récolte de Daniel Pellé est consultable en ligne, à l’adresse http://u.osmfr.org/m/411653/.

Pour plus de détails, consultez la page Lieux ou la carte de répartition des récoltes de Daniel Pellé.

Utilisation de l’API de l’INPN

La mise en place de la nouvelle version du site mon-herbier a aussi permis, directement depuis les pages du site, d’accéder à des données contenues sur d’autres plateformes, tout particulièrement sur le site de l’INPN. Celui-ci permet en effet, via une API, un accès aux données du référentiel taxonomique TaxRef. Il a ainsi été possible de récupérer les informations sur l’histoire d’un taxon, y compris son nom actuel et tous ses synonymes.

Il a également été possible de récupérer d’autres informations, comme la référence originelle de la description d’un taxon et de renvoyer, depuis le catalogue de l’herbier, vers les spécimens de l’herbier DP d’un simple clic (voir partie suivante, catalogue).

La version « Wordpress » du site (2024-)

La version que vous consultez actuellement est la dernière version du site dédié à l’herbier de Daniel Pellé, et a été développée en utilisant le CMS WordPress. Des procédures de conversion des données (CSV vers articles sous wordpress) ont été mises en place pour importer les données existantes. Ces procédures seront prochainement détaillées ici-même.


🔗 Le catalogue